之时就主攻研究国史，他对自己的历史定位就是一个史官，焦竑对历史十分尊敬，在入职翰林院之后，他接触到大量国朝记载，发现有明一朝的历代帝王将大量皇家的档案都删改过，好多流传到后世的史料都经过加工，气的要死，焦竑于是直接写了一篇《论史》阐述自己的观点，只看其中一句话，就知道他的观点：“史之权与天与君并，诚重之也”——焦竑对于历史文献有一种崇敬心理，认为即使是皇帝都没有权力去改动史官的记载。
万历二十二年，大学士陈于陛上疏朝廷，建议修撰国史，并且推举史学功底深厚的焦竑专领其事，此论获得内阁和朝臣的一众支持，焦竑也进行了相当多的前期准备工作，结果没过多久皇宫失火，万历皇帝把这钱拿去修三大殿了，万历朝的国史编修工作最终没有进行。